Если кратко, то safe mode - это способ решить некоторые вопросы по безопасности(несанкционированный доступ пользователя к ресурсам) на уровне php. Конечно, это не гарантия защиты и у некоторых скриптов кроме глюков ничего не вызывает. Под safe mode нужно некоторые скрипты оптимизировать.
Основные характеристики safe mode:
1 Нельзя изменять переменные окружения через putenv(),
2 Запрещается запускать программы через exec(), находящиеся вне указанной директории safe_mode_exec_dir в php.ini,
3. Файловые операции корректируются:
php_admin_value open_basedir "/www/site_name/"
php_admin_value doc_root "/www/site_name/"
ни одна из файловых функций не сможет открыть файл, если он не входит в указаное поддерево(возможно несколько)