Вадим, тоже интересно было бы узнать, что это за файл. А разве в ридми ничего про него не написанно?
Попробуйте его удалить. Если ничего, то и слава богу.
Я в коде могу разобрать, что для чего. Но, на славах, это как-то выглядит прогматично. Если вы уж и задались вопросом, что это за файл, то, значит, можно осмыслить для чего он.
Про атрибуты для файла, можно набрать в гугле - chmod
Там подробно описанно, для чего и куда.
Обычному файлу, достаточно атрибута на прочтение. Выполнение вообще не нужно, так как, интропретатор языка PHP на сервер выполняет все инструкции, а не сам файл.
Там всего три пункта - выполнение, чтение, запись. Вот и выставляйте. Для папки нужен поиск, это тот же - выполнение.