Паша, браузер не перекодирует сами файлы, а автоматически подставляет требуемую таблицу кодировки файлов лежащих на сервере. Другое дело, - что делать, если...
1. Или в самом браузере выставлен параметр определения с привязкой к определённой кодировке, нужно выставить автоопределение. Потому что интернет большой... везде всё по-разному...
2. Если веб-узел, сайт, в одной кодировке, а добавка - "WR-скрипты" в другой, половинчатость получается.
Нужно разобраться в валидности кода. Правельно ли браузер воспринимает этот механизм автоопределения (нахождения метаданных).
2.1. Таблица кодировки браузера будет подгонять всё под единый шаблон. Нужно постараться не попутать файлы из одной кодировки с файлами в другой.
Например, сайт работает в UTF-8, и где-то прикручен WR скрипт быстрого чата, файлы которого в cp1251. Понятно, что одновременно всё работать не будет. В этом случае нужно придумать способ, что бы работало.
Короче, если файлы в кодировке cp1251, то и в метаданных должно стоять cp1251 (у WR всё так и есть)
Ну, или изобретайте трёхколёсный велосипед сами... Как вам будет угодно ездить. Но сами файлы можно перекодировать в кодировку сайта, - удобнее работать потом, путаницы не будет. :)